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灭菌程度不同：虽然无菌口罩和非无菌口罩都是在无菌车间生产的，但是灭菌型口罩的灭菌程度和标准会远远大于非灭菌型，且生产灭菌口罩车间的无菌级别会高于非灭菌型。
微生物指标不同：灭菌型口罩和非灭菌型口罩都属于一次性医用口罩，都是按照YY/T0969的规定生产的，但是两者对口罩的微生物指标也有所不同，灭菌型口罩要求无菌，而非灭菌型口罩只是对微生物有限度要求。
用途不同：非灭菌一次性口罩通常指的是普通的防尘口罩，这种口罩在工厂车间使用的比较多，平时遇到雾霾天或大风天气，也可以佩戴这种口罩进行防护，而灭菌口罩在医院使用的比较多。
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